Если субсидии из федерального бюджета выделяются на оплату приобретенных налогоплательщиком товаров, то ранее принятый к вычету НДС по ним следует восстановить в соответствии с пп. 6 п. 3 ст. 170 НК РФ.

Однако если субсидии идут на оплату работ или услуг, реализуемых налогоплательщиком, то он не должен восстанавливать НДС по товарам (работам, услугам), которые использует в этих операциях. Такие разъяснения содержатся в письме Минфина России от 11.02.2014 № 03-07-11/5427.

Подробнее о восстановлении НДС при получении субсидий см. Справочник "Налог на добавленную стоимость".