По общему правилу российские организации, имеющие обособленные подразделения на территории РФ, должны в качестве налоговых агентов перечислять в бюджет НДФЛ, удержанный из доходов сотрудников этих подразделений (п. 7 ст. 226 НК РФ). При этом НК РФ не регламентирует, в каком именно порядке следует уплачивать налог, если таких подразделений у компании несколько. Разъяснения по этому вопросу в письме от 12.03.2014 № БС-4-11/4431@ дала ФНС России. Налоговое ведомство указало, что организация, вставшая на учет по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения, должна уплачивать НДФЛ по каждому из них. Сумма налога рассчитывается исходя из дохода, подлежащего налогообложению, начисляемого работникам каждого из подразделений. При этом необходимо составлять отдельное платежное поручение на каждое подразделение, указывая его КПП и ОКТМО муниципального образования, в бюджет которого перечисляется налог. Напомним, что данную позицию ФНС России высказывала и ранее (см., например, письмо от 03.08.2011 № АС-4-3/12547). Аналогичного мнения придерживается и Минфин России в письмах от 22.01.2013 № 03-04-06/3-17, от 22.06.2012 № 03-04-06/3-174.

Подробнее о том, как следует уплачивать НДФЛ, если организация имеет несколько обособленных подразделений, см. Справочник "Налог на доходы физических лиц".