В постановлении от 29.01.2014 № Ф05-17071/2013 ФАС Московского округа рассмотрел вопрос о том, облагаются ли НДС суммы, которые изготовитель товара перечисляет производящей гарантийный ремонт организации, в части превышения стоимости ремонта. Суд указал, что в соответствии с пп. 13 п. 2 ст. 149 НК РФ услуги по гарантийному ремонту в период гарантийного срока не облагаются НДС. При этом в налоговую базу не включаются суммы, израсходованные непосредственно на ремонт и стоимость запасных частей. А суммы, перечисляемые сверх указанных расходов, являются вознаграждением организации, производящей гарантийный ремонт. В связи с этим они включаются в налоговую базу по НДС.

Подробнее о том, может ли организация, осуществляющая гарантийный ремонт по поручению производителя (продавца) товара, применять льготу по пп. 13 п. 2 ст. 149 НК РФ см. Справочник "Налог на добавленную стоимость".