В письме от 19.09.2013 № 03-07-07/38909 Минфин России рассмотрел следующую ситуацию. Организация реализует товары (работы, услуги), которые освобождаются от НДС на основании п. 3 ст. 149 НК РФ. Заявление об отказе от льготы в налоговый орган не подавалось. Тем не менее,  указанные товары (работы, услуги) организация реализует с учетом НДС. Может ли она принять к вычету налог, уплаченный поставщикам при приобретении товаров (работ, услуг).

Финансовое ведомство разъяснило, что если налогоплательщик не представил соответствующее заявление, то операции, перечисленные в п. 3 ст. 149 НК РФ, являются необлагаемыми НДС. Поэтому при реализации этих операций с учетом налога организация должна уплатить НДС на основании пп. 2 п. 5 ст. 173 НК РФ. При этом налог, предъявленный поставщиками товаров (работ, услуг), принять к вычету она не может.

Подробнее об отказе от льгот по НДС см. Справочник "Налог на добавленную стоимость".