В письме от 13.02.2012 № 03-03-06/2/20 Минфин России рассмотрел следующую ситуацию. Организация арендовала нежилое помещение, в которое с согласия арендодателя произвела капитальные вложения в виде неотделимых улучшений, не возмещаемые последним. Затем арендатор выкупил это имущество и захотел увеличить его первоначальную стоимость на сумму недоамортизированных капвложений.

Финансовое ведомство пояснило, что согласно п. 2 ст. 257 НК РФ первоначальная стоимость изменяется в случаях достройки, дооборудования, реконструкции, модернизации, технического перевооружения, частичной ликвидации соответствующих объектов и по иным аналогичным основаниям.

Капитальные вложения, которые произведены арендатором в период аренды помещения, не могут изменять первоначальную стоимость приобретенного помещения. Это связано с тем, что рассматриваемые капвложения амортизируются арендатором только в течение срока действия договора. А признание в целях налогообложения несамортизированной части капитальных вложений в связи с приобретением нежилого помещения главой 25 НК РФ не предусмотрено.

По данному вопросу см. также Справочник "Налог на прибыль"