В письме от 11.11.2013 № 03-11-06/2/47957 Минфин России рассмотрел вопрос о том, как при применении УСН учитывать доходы от реализации ценных бумаг, если согласно п. 3 ст. 249 НК РФ доходы по таким операциям определяются с учетом положений ст. 280 НК РФ.

Финансовое ведомство разъяснило, что налогоплательщики, применяющие УСН, ст. 249 НК РФ используют только в части перечня доходов, учитываемых при исчислении налога. Поэтому п. 3 ст. 249 НК РФ и соответственно ст. 280 НК РФ на них не распространяется.

Следовательно, при реализации ценных бумаг такими налогоплательщиками доходы определяются в общем порядке на основании п. 1 ст. 346.17 НК РФ, то есть в составе доходов учитываются фактически поступившие денежные средства (иное имущество (работы, услуги) и (или) имущественные права) в оплату этих ценных бумаг.

Подробнее о порядке определения доходов см. Справочник "Упрощенная система налогообложения".