К такому выводу пришел ФАС Западно-Сибирского округа в постановлении от 12.11.2013 № А27-19852/2012. По мнению суда, данные суммы не связаны с оплатой услуг, как на то указывал налоговый орган (пп. 2 п. 1 ст. 162 НК РФ). Эти денежные средства были переданы организации на безвозмездной основе, и их цель - компенсировать фактические потери в доходах налогоплательщика, применяющего государственные регулируемые цены. Следовательно, спорные суммы не увеличивают налоговую базу по НДС.

Подробнее об обложении субсидий НДС см. Справочник "Налог на добавленную стоимость".