Согласно п. 7 ст. 78 НК РФ заявление о зачете или возврате переплаты по налогу может быть подано в течение трех лет со дня уплаты соответствующей суммы.

В письме от 01.11.2013 № НД-4-8/19645@ ФНС России рассмотрела вопрос о том, может ли налоговая инспекция списать переплату по налогам, которая числится у налогоплательщика более трех лет.

Налоговое ведомство отметило, что Налоговый кодекс не препятствует списанию суммы излишне уплаченного налога, по которой истек срок исковой давности. Однако это можно сделать при условии, что налогоплательщик был извещен об имеющейся переплате, а также у него отсутствует недоимка по другим налогам, сборам, пеням и штрафам, в уплату которой может быть направлена эта переплата. Кроме того, списать переплату по налогам, которая числится у организации, можно только в том случае, если организация обратилась в налоговую инспекцию с просьбой списать эту переплату. Если такая просьба не поступала, списание излишне уплаченных сумм неправомерно.

Также ФНС России указала, что в случае, когда налогоплательщик воспользовался своим правом и после истечения трех лет обратился в суд с иском о возврате из бюджета переплаченной суммы, списание этой суммы производится на основании решения суда об отказе в восстановлении срока давности возврата налога.