Если недоамортизированное ОС списано и реализовано как лом, восстанавливать НДС не нужно.
В постановлении от 10.10.2013 № А27-21600/2012 ФАС Западно-Сибирского округа рассмотрел вопрос о том, нужно ли восстанавливать НДС, если недоамортизированное ОС списано ввиду непригодности и реализовано в качестве лома. Суд указал, что в п. 3 ст. 170 НК РФ установлен исчерпывающий перечень случаев, когда налог, принятый к вычету, в том числе по ОС, нужно восстановить. Списание ввиду непригодности для дальнейшего использования в нем не указано. Кроме того, налоговое законодательство не содержит норм, обязывающих восстановить НДС в недоамортизированной (неиспользованной) части ОС в такой ситуации. Таким образом, если недоамортизированное ОС списано ввиду непригодности и реализовано в качестве лома, восстанавливать налог не нужно.
Подробнее о том, нужно ли восстанавливать НДС при списании недоамортизированных основных средств, см. Справочник "Налог на добавленную стоимость".