Если налогоплательщик на УСН выставил счет-фактуру с НДС, он обязан уплатить налог в бюджет. Такой вывод содержится в постановлении ФАС Уральского округа от 13.09.2013 № Ф09-8577/13. Суд указал, что в соответствии с п. 2 ст. 346.11 НК РФ организации, применяющие УСН, не признаются плательщиками НДС. Однако в силу пп. 1 п. 5 ст. 173 и п. 4 ст. 174 НК РФ при выставлении счета-фактуры с выделенной суммой налога неплательщики обязаны перечислить НДС в бюджет.

Подробнее о налоговых последствиях для продавца, применяющего УСН и выставившего счет-фактуру с НДС, см. Справочник "Налог на добавленную стоимость".