Налог нужно уплатить повторно, если он ошибочно перечислен в другой субъект РФ.
В письме от 06.09.2013 № ЗН-3-1/32228 ФНС России рассмотрела вопрос о том, как должна поступить организация, если налог ошибочно перечислен в бюджет другого субъекта РФ из-за неправильно указанного в платежном поручении счета Федерального казначейства.
Ссылаясь на ст. 45 НК РФ, налоговое ведомство разъяснило, что в этом случае налог не считается уплаченным. Поэтому организация должна повторно оплатить налог, оформив платежное поручение с правильными реквизитами получателя платежа. При этом денежные средства, перечисленные ошибочно на счет Федерального казначейства другого субъекта РФ, могут быть возвращены в порядке, установленном приказом Минфина России от 05.09.2008 № 92н "Об утверждении Порядка учета Федеральным казначейством поступлений в бюджетную систему Российской Федерации и их распределения между бюджетами бюджетной системы Российской Федерации". Для возврата этих средств следует обратиться в налоговый орган по месту учета организации.
Подробнее об оформлении поручений см. Справочник "Платежные поручения на перечисление налогов и взносов".