Минфин России в письме от 27.08.2013 № 03-04-06/35077 рассмотрел следующую ситуацию. Между организаций и главным бухгалтером было заключено соглашение о расторжении трудового договора, по условиям которого бухгалтеру выплачивалась компенсация в размере шести должностных окладов. В связи с этим у налогового агента возник вопрос, облагается ли данная компенсация НДФЛ? Финансовое ведомство указало, что НДФЛ не облагаются предусмотренные законодательством РФ выплаты, связанные с увольнением работников. В частности, не включается в налоговую базу по НДФЛ компенсация руководителю (его заместителям), главному бухгалтеру в части, не превышающей в целом трехкратный размер среднего месячного заработка  или шестикратный размер - для работников районов Крайнего Севера и приравненных к ним местностей (абз. 8 п. 3 ст. 217 НК РФ). По мнению Министерства, аналогичные правила применяются в отношении выплат сотрудникам, увольняющимся по соглашению сторон. Соответственно, НДФЛ с компенсации работнику, который увольняется по соглашению сторон, нужно удержать только с той суммы, которая превышает трехкратный размер среднемесячного заработка (шестикратный размер - в отношении работников районов Крайнего Севера и приравненных к ним местностей). 

Подробнее о доходах, не подлежащих налогообложению, см. Справочник "Налог на доходы физических лиц".