ФАС Северо-Западного округа в постановлении от 07.08.2013 № А21-6256/2012 рассмотрел вопрос о том, в каком порядке восстанавливается НДС при совмещении общего режима налогообложения и ЕНВД. Суд указал, что сумма НДС к восстановлению рассчитывается в пропорции, аналогичной предусмотренной нормами п. 4 ст. 170 НК РФ. Она определяется исходя из доли товаров (работ, услуг), облагаемых ЕНВД, в общей стоимости отгруженных товаров за налоговый период. Таким образом, если налогоплательщик начинает использовать товары одновременно в деятельности, облагаемой НДС, и в деятельности, переведенной на "вмененку", то налог подлежит восстановлению в первом налоговом периоде (квартале) начала их использования.

Подробнее о восстановлении НДС при переходе на спецрежим см. Справочник "Налог на добавленную стоимость".