При уничтожении недоброкачественной продукции по решению органа государственной власти НДС восстанавливать не нужно. Это обусловлено тем, что утилизация такой продукции связана с необходимостью обеспечить безопасность производства и реализации доброкачественной продукции. Данный вывод сделан в письме Минфина России от 23.08.2013 № 03-07-11/34617.

Подробнее о том, нужно ли восстанавливать НДС по имуществу, списанному в связи с порчей, хищением, потерей, конфискацией и т.п. см. Справочник "Налог на добавленную стоимость".