В письме от 21.08.2013 № 03-11-06/2/34289 Минфин России пояснил порядок признания расходов на реконструкцию и модернизацию основных средств, если они начаты при применении объекта налогообложения "доходы", а завершены после перехода на объект налогообложения "доходы минус расходы". Финансовое ведомство указало, что подобные затраты увеличивают первоначальную стоимость имущества (п. 4 ст. 346.16, п. 2 ст. 257 НК РФ). Они учитываются с момента ввода в эксплуатацию данного имущества равными долями за каждый отчетный период (п. 3 ст. 346.16 НК РФ). Соответственно, если налогоплательщик понес расходы, связанные с реконструкцией (модернизацией) основного средства, в период, когда применял УСН с объектом налогообложения "доходы", а эксплуатацию такого основного средства начал уже после перехода на объект налогообложения "доходы минус расходы", то он вправе учесть данные затраты после смены объекта налогообложения. При этом для признания расходов необходимо, чтобы основное средство использовалось исключительно в предпринимательской деятельности.

Подробнее об учете расходов при УСН см. Справочник "Упрощенная система налогообложения".