Согласно п. 1 ст. 83 НК РФ организации, в состав которых входят обособленные подразделения, подлежат постановке на учет в налоговых органах по месту нахождения каждого обособленного подразделения. При этом пунктом 4 статьи 83 НК РФ установлено: если несколько обособленных подразделений находятся в одном муниципальном образовании на территориях, подведомственных разным налоговым органам, организация вправе встать на учет в налоговом органе по месту нахождения одного из обособленных подразделений.

Согласно п. 2 ст. 230 НК РФ (в редакции, действующей с 1 января 2016 года) организации, имеющие обособленные подразделения, должны представлять расчет по форме 6-НДФЛ в налоговый орган по месту учета обособленных подразделений.

В письме от 19.11.2015 № 03-04-06/66970 Минфин России рассмотрел вопрос, в каком порядке должна представлять расчет по форме 6-НДФЛ организация, имеющая несколько обособленных подразделений, если она состоит на учете в налоговом органе по месту нахождения одного обособленного подразделения.

Финансовое ведомство разъяснило следующее. Согласно п. 7 ст. 226 НК РФ налоговые агенты (российские организации), имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять исчисленные и удержанные суммы НДФЛ в бюджет как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого обособленного подразделения.

Глава 23 НК РФ не содержит норм, разрешающих налоговым агентам самостоятельно выбирать обособленное подразделение для уплаты НДФЛ.

Следовательно, организации, состоящие на учете в соответствии с п. 4 ст. 83 НК РФ, НДФЛ, удержанный с доходов работников обособленных подразделений, должны перечислять по месту нахождения каждого обособленного подразделения (независимо от порядка постановки на учет).

Поскольку обязанность налоговых агентов представлять расчет по форме 6-НДФЛ должна соответствовать порядку уплаты налога, то расчет также должен представляться в налоговые органы по месту нахождения каждого обособленного подразделения.

Отметим, что ранее Минфин России разрешал перечислять НДФЛ по всем обособленным подразделениям, расположенным на территории одного муниципального образования, в налоговый орган по месту нахождения одного из этих подразделений (письма от 22.01.2013 № 03-04-06/3-17, от 22.06.2012 № 03-04-06/3-174, от 21.09.2011 № 03-04-06/3-230 и др.).