Такой вывод сделан в постановлении ФАС Московского округа от 14.08.2013 № А40-134057/12-140-934. Поводом для судебного разбирательства по данному вопросу послужило следующее. Стороны договора поставки изменили его условия. В связи с этим продавец зачел поступившую от покупателя предоплату в счет исполнения обязательства по другим договорам и заявил НДС к вычету. Налоговая инспекция в вычете отказала, посчитав, что при изменении условий договора продавец может заявить вычет, только если авансовый платеж возвращен покупателю (абз. 2 п. 5 ст. 171 НК РФ). А при зачете взаимных требований фактического возврата денежных средств не происходит. Суд, рассматривая дело, встал на сторону продавца и указал, что зачет аванса в счет исполнения обязательства по иному договору означает его возврат. Поэтому организация-продавец вправе получить вычет НДС в результате данной операции.

Подробнее о вычете НДС см. Справочник "Налог на добавленную стоимость".