При списании кредиторской задолженности НДС не восстанавливается.
В письме от 21.06.2013 № 03-07-11/23503 Минфин России рассмотрел вопрос о том, нужно ли восстанавливать принятый к вычету НДС при списании просроченной кредиторской задолженности по приобретенным работам.
Финансовое ведомство разъяснило, что НДС по приобретенным товарам (работам, услугам) принимается к вычету при выполнении следующих условий: товары (работы, услуги) приобретены для налогооблагаемых операций, имеются счета-фактуры от продавцов, товары (работы, услуги) приняты на учет (п. 2 ст. 171 НК РФ, п. 1 ст. 172 НК РФ). Факт оплаты товаров (работ, услуг) для применения вычета значения не имеет. Поэтому при списании просроченной кредиторской задолженности по работам НДС, принятый к вычету при приобретении работ, восстанавливать не нужно.
Подробнее о восстановлении налога см. Справочник "Налог на добавленную стоимость".