Минфин России в письме от 09.07.2013 № 03-07-11/26592 рассмотрел вопрос о том, в каком периоде применить вычет по НДС, если счет-фактура выставлен продавцом в одном периоде, а получен покупателем в другом. Финансовое ведомство указало, что согласно п. 2 Правил ведения книги покупок, применяемой при расчетах по НДС, утв. постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137, полученные от продавцов счета-фактуры регистрируются в книге покупок по мере возникновения права на налоговые вычеты в соответствии с нормами ст. 172 НК РФ. При этом ст. 172 НК РФ установлено, что вычет по НДС производится только при наличии счетов-фактур. Таким образом, принимать НДС к вычету следует в том периоде, в котором получен счет-фактура. 

Подробнее о том, в каком периоде можно принять к вычету НДС по счету-фактуре, полученному с опозданием, см. Справочник "Налог на добавленную стоимость".