Если договор перевозки содержит существенные признаки договора транспортной экспедиции, то осуществляемая в связи с ним деятельность не подпадает под ЕНВД.
К такому выводу пришел ФАС Восточно-Сибирского округа в постановлении от 25.06.2013 № А78-7493/2012. Суд указал, что ЕНВД применяют, в частности, организации и предприниматели при оказании автотранспортных услуг по перевозке грузов (пп. 5 п. 2 ст. 346.26 НК РФ). Однако в рассматриваемом случае по договору перевозки предприниматель оказывал услуги по терминальной обработке вагонов и экспедиторские услуги. Такие услуги связаны с перевозкой груза, но фактически не являются перевозкой как таковой. Исходя из этого, суд квалифицировал данный договор как договор транспортной экспедиции (ст. 801 ГК РФ), деятельность по которому облагается по общей системе налогообложения.
Подробнее о применении спецрежима в отношении автотранспортных услуг по перевозке пассажиров и грузов см. Справочник "Единый налог на вмененный доход".