В письме от 27.06.2013 № 03-04-05/24421 Минфин России рассмотрел следующую ситуацию. Работник использовал в служебных целях автомобиль, которым владел по доверенности. Организация выплачивала ему компенсацию за использование ТС. В связи с этим у нее возник вопрос, нужно ли облагать НДФЛ суммы такой компенсации. Финансовое ведомство указало, что не облагается НДФЛ возмещение расходов в связи с использованием личного имущества сотрудника при выполнении им трудовых обязанностей (п. 3 ст. 217 НК РФ). При этом ст. 188 ТК РФ предусматривает компенсацию за использование личного имущества сотрудника. При этом размер возмещаемых расходов должен подтверждаться документами, свидетельствующими о праве собственности сотрудника на автомобиль, расчетом компенсации, путевыми листами и документами, свидетельствующими о несении работником расходов.

Побробнее о том, как оформить отношения с сотрудником, использующим личный автомобиль для служебных нужд см. Справочник "Договоры: условия, формы, налоги".