Согласно п. 6 ст. 227.1 НК РФ работодатель, принявший на работу иностранца, вправе уменьшить НДФЛ, исчисленный с его доходов, на сумму фиксированных авансовых платежей, уплаченных таким лицом за период действия патента. При этом уменьшать налог он может только в том случае, если получит от налогового органа уведомление о подтверждении права на такое уменьшение. Для получения уведомления работодатель должен подать в налоговый орган соответствующее заявление. Форма такого заявления утверждена приказом ФНС России от 13.11.2015 № ММВ-7-11/512@. Подробнее см. здесь.

Теперь приказом от 08.12.2015 № ММВ-7-6/566@ ФНС России утвердила рекомендуемый формат представления заявления о подтверждении права на уменьшение НДФЛ на сумму уплаченных фиксированных авансовых платежей в электронной форме. Таким образом, налоговые агенты могут подавать указанное заявление в налоговый орган как в бумажном, так и в электронном виде.

Подробнее об исчислении НДФЛ с доходов иностранных граждан, работающих в РФ на основании патента, см. в справочнике "Налог на доходы физических лиц".