Минфин России в письме от 22.04.2013 № 03-07-14/13904 рассмотрел вопрос о том, должен ли арендатор уплатить НДС в качестве налогового агента, если он арендует государственное (муниципальное) имущество у казенного учреждения. Финансовое ведомство указало, что налоговым агентом является лицо, на которое возложена обязанность по удержанию у налогоплательщика и перечислению в бюджет суммы налога (ст. 24 НК РФ). В соответствии с пп. 4.1 п. 2 ст. 146 НК РФ услуги, оказываемые казенными учреждениями, не являются объектом обложения НДС. Таким образом, налогоплательщик не является налоговым агентом, следовательно, НДС не уплачивается.

Побробнее о налоговых агентах при аренде государственного (муниципального) имущества см. Справочник "Налог на добавленную стоимость"