В письме от 30.04.2013 № 03-03-06/1/15358 Минфин России рассмотрел вопрос о том, в какой сумме налогоплательщик вправе принять к вычету НДС, если фактическое количество и (или) стоимость поступивших товаров (работ, услуг) меньше, чем указано в счете-фактуре поставщика.

Финансовое ведомство разъяснило, что согласно п. 1 ст. 172 НК РФ НДС по приобретенным товарам (работам, услугам) принимается к вычету после принятия на учет этих товаров (работ, услуг). В случае, когда количество (стоимость) поступивших товаров (работ, услуг) меньше, чем указано в счете-фактуре поставщика, к учету принимаются фактически поступившие товары (работы, услуги). Учитывая это, НДС по указанным товарам (работам, услугам) принимается к вычету в части, которая относится к товарам (работам, услугам), принятым на учет.

Минфин отметил, что в рассматриваемом случае продавец обязан выставить покупателю корректировочный счет-фактуру в общеустановленном порядке.

Подробнее о принятии на учет как условии вычета см. Справочник "Налог на добавленную стоимость".