В письме от 29.04.2013 № ЕД-4-3/7895@ ФНС России рассмотрела вопрос о том, как регистрировать счета-фактуры в журнале учета полученных и выставленных счетов-фактур, в книге продаж и книге покупок, если организация или предприниматель освобождены от уплаты НДС на основании ст. 145 НК РФ. Налоговое ведомство отметило, что на основании п. 5 ст. 168 НК РФ такие лица выставляют счета-фактуры с надписью или штампом "Без налога (НДС)" и регистрируют их в журнале учета полученных и выставленных счетов-фактур и в книге продаж в общем порядке. Что касается книги покупок, то она ведется с целью определения суммы налога, предъявляемой к вычету покупателем. Субъекты, применяющие освобождение от уплаты НДС на основании ст. 145 НК РФ, не могут применять налоговые вычеты (ст.ст. 170 и 171 НК РФ). Следовательно, они не обязаны вести книгу покупок. ФНС России также отметила, что в период освобождения организации и предприниматели не представляют декларации по НДС.

Подробнее о порядке применения освобождения от уплаты НДС см. Справочник "Налог на добавленную стоимость".