Согласно п. 6 ст. 346.25 НК РФ налогоплательщики, применявшие УСН, при переходе на общий режим налогообложения принимают к вычету НДС, предъявленный при УСН по товарам (работам, услугам, имущественным правам), которые не были отнесены к расходам, вычитаемым из налоговой базы при УСН.

В письме от 04.04.2013 № 03-11-06/2/10983 Минфин России рассмотрел вопрос о том, в каком порядке применяется указанный вычет.

Финансовое ведомство разъяснило, что НДС принимается к вычету при условии, что товары (работы, услуги) будут использоваться в налогооблагаемых операциях, а также имеются в наличии счета-фактуры и соответствующие первичные документы. Налог принимается к вычету в первом налоговом периоде, в котором организация перешла на общий режим налогообложения. При этом указанный порядок распространяется как на товары, приобретенные для дальнейшей реализации, так и товары, которые приобретены для использования в производственной деятельности.

Подробнее о налогообложении при утрате права на УСН см. Справочник "Упрощенная система налогообложения"