Минфин России в письме от 10.04.2013 № 03-07-08/11874 рассмотрел вопрос о том, нужно ли представлять счета-фактуры экспортеров в комплекте документов, подтверждающих обоснованность применения "нулевой" ставки НДС. Финансовое ведомство указало, что на основании пп. 1 п. 1 ст. 164 НК РФ при реализации экспортных товаров, вывезенных на территорию государств, не являющихся членами Таможенного союза, нулевая ставка применяется, если представлены документы, установленные ст. 165 НК РФ. При этом нормы НК РФ не указывают на необходимость представления вышеназванных счетов-фактур. Следовательно, счета-фактуры, выставленные экспортерами, не представляются в комплекте документов, подтверждающих обоснованность применения "нулевой" ставки.

Подробнее о документальном подтверждении экспорта см. Справочник "Налог на добавленную стоимость"