ФАС Восточно-Сибирского округа в постановлении от 12.04.2013 № А19-18231/2012 рассмотрел вопрос о том, применяется ли "нулевая" ставка по НДС в отношении транспортно-экспедиционных услуг, оказанных на территории РФ при непрямом международном сообщении. Суд указал, что на основании пп. 2.1 п. 1 ст. 164 НК РФ услуги по организации международной перевозки облагаются по "нулевой" ставке. При этом пункты отправления и назначения должны определяться исходя из достижения цели перевозки, а не из того, на каком промежутке перевозки они оказываются отдельным экспедитором. Иное понимание международной перевозки ущемляет права тех налогоплательщиков, которые не имеют возможности перевезти товар за пределы РФ одним видом транспорта без перегрузки на другой в промежуточных пунктах, расположенных на территории РФ. Следовательно, услуги, оказанные на территории РФ при транспортировке экспортного товара, облагаются НДС по ставке 0 процентов.

Подробнее см. Справочник "Налог на добавленную стоимость"