Согласно пп. 2 п. 3.1 ст. 346.21 НК РФ налогоплательщики, применяющие УСН с объектом налогообложения "доходы", уменьшают сумму налога на суммы пособий по временной нетрудоспособности (за исключением несчастных случаев на производстве и профессиональных заболеваний), выплачиваемых работникам за первые три дня за счет средств работодателя.

В письме от 11.04.2013 № 03-11-06/2/12039 Минфин России рассмотрел вопрос о том, как учитывается НДФЛ, исчисленный с указанных пособий.

Финансовое ведомство разъяснило, что при уменьшении налога на сумму выплаченных пособий по временной нетрудоспособности НДФЛ из суммы пособия не вычитается. Таким образом, налог уменьшает сумма пособия, включающая НДФЛ.

Подробнее об уменьшении налога при УСН см. Справочник "Упрощенная система налогообложения"