ФАС Московского округа в постановлении от 25.03.2013 № А40-80100/12-149-728 рассмотрел вопрос о том, можно ли вернуть излишне уплаченный НДС, если на момент таможенного оформления товара освобождение от уплаты налога  не заявлялось. Суд указал, что освобождение от уплаты НДС при ввозе товара на территорию РФ применяется в случаях, указанных в ст. 150 НК РФ. При этом право на него не зависит от момента, когда лицо обратилось с соответствующим заявлением. Таким образом, подача заявления о возврате налога после завершения таможенного оформления не является основанием для отказа в возврате НДС.

Подробнее об НДС при импорте см. Справочник "Налог на добавленную стоимость"