Согласно пп. 2 п. 1 ст. 162 НК РФ налоговая база по НДС увеличивается на суммы, полученные за реализованные товары (работы, услуги) в виде финансовой помощи, на пополнение фондов специального назначения, в счет увеличения доходов либо иначе связанных с оплатой реализованных товаров (работ, услуг).

В письме от 04.03.2013 № 03-07-15/6333 Минфин России рассмотрел вопрос о том, в каком порядке налоговые органы должны принимать решение о том, обязан ли продавец на основании этой нормы включать в налоговую базу по НДС сумму неустойки, полученную от покупателя за нарушение условий договора поставки.

Финансовое ведомство разъяснило, что в рассматриваемой ситуации следует руководствоваться постановлением Президиума ВАС РФ от 05.02.2008 № 11144/07, в котором указано, что если неустойка представляет собой меру ответственности покупателя за просрочку исполнения обязательств по договору, то она не облагается НДС, так как не связана с оплатой товара в смысле нормы ст. 162 НК РФ. В то же время, если полученная продавцом от покупателя неустойка (штраф, пени) по существу не является суммой, которая обеспечивает исполнение обязательства, а фактически относится к элементу ценообразования, предусматривающему оплату товаров (работ, услуг), то такая сумма облагается НДС на основании ст. 162 НК РФ.

Подробнее о том, включается ли неустойка в налоговую базу и как ее учитывать в "1С:Бухгалтерии 8", см. Справочник "НДС" и "Справочник хозяйственных операций. 1C:Бухгалтерия 8"