Согласно п. 1 ст. 176 НК РФ, если по итогам налогового периода сумма налоговых вычетов превышает исчисленную сумму НДС, полученная разница подлежит возмещению (зачету, возврату) налогоплательщику.

В письме от 20.03.2013 № АС-4-3/4811 ФНС России рассмотрела вопрос о том, имеет ли право организация получить такое возмещение налога по уточненной декларации, если она представлена в налоговый орган по истечении трех лет со дня окончания соответствующего налогового периода.

Налоговое ведомство разъяснило, что в общем случае на основании п. 2 ст. 173 НК РФ положительная разница между суммой налоговых вычетов и суммой исчисленного НДС подлежит возмещению организации при условии, что декларация с заявленной суммой налога к возмещению подана в пределах трех лет после окончания соответствующего квартала.

При представлении уточненной декларации позднее указанного срока эта декларация считается поданной с соблюдением трехлетнего периода, если в ней отражены налоговые вычеты, которые ранее были заявлены в уточненной декларации, представленной в течение трехлетнего срока. Таким образом, НДС в рассматриваемом случае подлежит возмещению, если в обеих уточненных декларациях отражены одинаковые суммы налоговых вычетов.

Отметим, что к такому выводу ФНС России пришла, ссылаясь на постановления ФАС Дальневосточного округа от 24.08.2012 по делу № А51-20223/2011 и ФАС Московского округа от 29.03.2011 по делу № А40-75075/10-142-390.