В письме от 05.03.2013 № 03-07-11/6648 Минфин России рассмотрел следующую ситуацию. Во время применения УСН с объектом налогообложения "доходы" организация приобрела основное средство. НДС, уплаченный при приобретении, был учтен в стоимости объекта. Может ли организация при переходе с УСН на общий режим налогообложения принять к вычету НДС, относящийся к остаточной стоимости основного средства, как НДС, который не был учтен в расходах при УСН.

По мнению финансового ведомства, НДС, который относится к остаточной стоимости основного средства, приобретенного и введенного в эксплуатацию при УСН, не принимается к вычету при переходе на общий режим налогообложения. Свою позицию Минфин обосновал следующим. Статьями 171 и 172 НК РФ не предусмотрен вычет НДС с остаточной стоимости основного средства, которое ранее принято к учету в установленном порядке по стоимости с учетом налога. Кроме того, п. 6 ст. 346.25 НК РФ в данном случае не применяется. Напомним, что на основании этого пункта организация при переходе на общий режим налогообложения имеет право принять к вычету НДС, который не был учтен в расходах при УСН при приобретении товаров (работ, услуг).

Подробнее см. Справочник "Упрощенная система налогообложения"