ФАС Западно-Сибирского округа в постановлении от 06.02.2013 № А45-14697/2011 рассмотрел следующую ситуацию. Общество приняло решение увеличить уставный капитал за счет нераспределенной прибыли. Это привело к увеличению номинальной стоимости долей участников, НДФЛ обществом не был удержан. Инспекция посчитала, что налог не удержан неправомерно. Суд указал, что увеличение стоимости долей происходит за счет средств организации. Эти выплаты производятся организацией в пользу участников общества. Следовательно, образуется доход в натуральной форме. Таким образом, в силу ст. 211 НК РФ имеется доход в натуральной форме. При этом датой его получения является дата, на которую зарегистрировано увеличение уставного капитала. Следовательно, общество являлось налоговым агентом и должно было удержать НДФЛ.

Подробнее см. Справочник "Налог на доходы физических лиц"