Доходы беженцев и лиц, получивших в России временное убежище, облагаются НДФЛ по ставке 13 процентов. Однако это применимо только к доходам от трудовой деятельности, осуществляемой в России (абз. 6 п. 3 ст. 224 НК РФ).

В письме от 10.11.2015 № 03-04-06/64548 Минфин России ответил на вопрос, распространяется ли данное правило на стипендии по ученическому договору, заключенному с такими лицами.

Согласно ст. 198 ТК РФ ученический договор можно заключить:

• с соискателем (то есть с гражданином, который пока не состоит в штате организации);
• непосредственно с работником (без отрыва или с отрывом от работы). В подобном случае ученический договор является дополнительным к трудовому договору.

В период ученичества физлицу нужно выплачивать стипендию. Ее размер определяется ученическим договором и зависит от получаемой профессии, специальности, квалификации, но не может быть ниже МРОТ (ст. 204 ТК РФ).

По мнению ведомства, стипендия облагается НДФЛ по ставке 13 процентов, если ученический договор заключен с сотрудником организации. Ведь такой гражданин уже работает на основании трудового договора, соответственно, его стипендия приравнивается к доходам от трудовой деятельности. 
Если ученический договор с беженцем (лицом, получившим временное убежище) заключается без трудового договора (то есть до момента оформления такого лица в штат организации), то с сумм стипендий НДФЛ удерживается по ставке 30 процентов (п. 3 ст. 224 НК РФ).

Отметим, что приказом ФНС России от 30.10.2015 № ММВ-7-11/485@ утверждена новая форма справки 2-НДФЛ, по которой необходимо отчитываться уже со следующего года. Одним из новшеств справки является добавление новых статусов физических лиц. В частности, если налоговый агент выплачивает доход беженцу или лицу, получившему временное убежище, в поле "Статус налогоплательщика" нужно указать цифру "5". Полагаем, что подобное обозначение статуса следует использовать, если с физлицом уже заключен трудовой договор.
Если с таким гражданином оформлен только ученический договор, целесообразнее проставить в данном поле цифру "2", обозначающую статус нерезидента РФ.