Российская организация, приобретающая транспортно-экспедиционные услуги у иностранной организации, не состоящей на учете в российских налоговых органах, не является налоговым агентом по НДС.
Местом реализации транспортно-экспедиционных услуг, оказываемых иностранной организацией, не состоящей на учете в российских налоговых органах, по договору с российской организацией в отношении товаров, ввозимых на территорию Российской Федерации автомобильным транспортом с территории иностранного государства, не являющегося государством - участником Таможенного союза, как по территории иностранного государства, так и по территории Российской Федерации, территория Российской Федерации не признается. Соответственно, российская организация, приобретающая данные услуги, не является налоговым агентом, обязанным исчислять и уплачивать налог на добавленную стоимость в российский бюджет по этим услугам (письмо Минфина РФ от 03.12.2012 № 03-07-08/335).
Подробнее см. Справочник "Импорт"