ФАС Московского округа в постановлении от 25.09.2012 № А40-79771/11-90-347 рассмотрел вопрос о том, можно ли применить вычет по НДС, если счет-фактура с выделенной суммой налога выставлен контрагентом, применяющим УСН. Суд пришел к выводу, что применение вычета правомерно. Данный вывод следует из того, что у продавца, выставившего такой счет-фактуру, возникает обязанность по уплате НДС в бюджет, следовательно, у покупателя появляется право применить налоговый вычет. Напомним, что Минфин России придерживается противоположной позиции.

Подробнее см. Справочник "Налог на добавленную стоимость".