Договор транспортной экспедиции может предусматривать условие о том, что экспедитор приобретает услуги третьих лиц от своего имени, но за счет клиента (например, услуги по перевозке груза). Такой договор содержит элементы посреднического договора, поэтому счета-фактуры могут выставляться в порядке, предусмотренном для посредников постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137. То есть экспедитор перевыставляет клиенту счет-фактуру, полученный от третьего лица на оказанные им услуги. Кроме того, отдельно выставляется счет-фактура на вознаграждение экспедитора. Такие выводы содержатся в письмах Минфина России от 21.09.2012 № 03-07-09/132 и ФНС России от 03.10.12 № ЕД-4-3/16555@.

Подробнее по этому вопросу см. Справочник "Налог на добавленную стоимость":

• Приобретение товаров (работ, услуг) посредниками, действующими от своего имени

• Вычет НДС при возмещении расходов