В постановлении от 05.09.2012 № А57-21529/2011 ФАС Поволжского округа рассмотрел следующую ситуацию. В середине года налогоплательщик утратил право на применение УСН - в 4 квартале его доходы превысили установленный лимит. При этом сумма налога, исчисленная за 9 месяцев в общем порядке, оказалась меньше суммы минимального налога. Инспекция посчитала, что в рассматриваемой ситуации налогоплательщик обязан уплатить минимальный налог. Однако суд с таким выводом не согласился и указал, что минимальный налог рассчитывается только по итогам налогового периода (календарного года), а не по итогам отчетных периодов.

Подробнее см. Справочник "Упрощенная система налогообложения".