В письме от 26.09.2012 № 03-04-06/4-291 Минфин РФ разъяснил порядок обложения налогом на доходы физических лиц сумм, выплачиваемых при ликвидации акционерного общества:

Если из имущества ликвидируемого акционерного общества, оставшегося после завершения расчетов с кредиторами, производятся выплаты по акциям, которые должны были быть выкуплены в соответствии со ст. 75 НК РФ, такие выплаты облагаются в соответствии со ст. 214.1 НК РФ как доходы от операций с ценными бумагами (доходы от продажи акционером своих акций обществу). Выплаты из имущества ликвидируемого общества начисленных, но не выплаченных дивидендов, облагаются как доходы в виде дивидендов. Налогообложение распределяемого имущества ликвидируемого общества производится в общем порядке. При этом доход, подлежащий налогообложению, определяется исходя из стоимости полученного при ликвидации имущества. Уменьшение указанного дохода на сумму взноса акционера в уставный капитал главой 23 НК РФ не предусмотрено.

Подробнее см. справочник Реорганизация и ликвидация.