Для счетов-фактур, выставленных на авансы, отдельная нумерация не предусмотрена.
В письме от 10.08.2012 № 03-07-11/284 Минфин России рассмотрел вопрос о порядке нумерации счетов-фактур, выставленных на аванс.
Финансовое ведомство указало, что порядковые номера корректировочного счета-фактуры, счета-фактуры присваиваются в общем хронологическом порядке (пп. "а" п. 1 Правил заполнения корректировочного счета-фактуры, утв. постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137).
При этом отдельная нумерация счетов-фактур на авансы постановлением Правительства от 26.12.2011 № 1137 не предусмотрена.
Отметим, что налоговое законодательство РФ не устанавливает ответственность за нумерацию счетов-фактур не в хронологическом порядке. Кроме того, в соответствии с п. 2 ст. 169 НК РФ по таким счетам-фактурам НДС может быть принят к вычету.
В "1С:Предприятии 8" нумерация счетов-фактур, выставленных на авансы в соответствии с рекомендациями финансового ведомства, приведенными в указанном письме, будет реализована с выходом очередных релизов.
Подробнее см. Справочник "Налог на добавленную стоимость"