В письме от 02.10.2015 № СД-19-15/244 ФНС России рассмотрела следующую ситуацию. Экспедитор облагал услуги по ставке 18 процентов и перечислял сумму налога в бюджет. Клиент заявил предъявленный ему НДС к вычету, однако налоговый орган отказал по той причине, что к транспортно-экспедиционным услугам, связанным с международной перевозкой, должна применяться нулевая ставка НДС (пп. 2.1 п. 1 ст. 164 НК РФ). В связи с этим клиент обратился к экспедитору за возвратом излишне уплаченного НДС. Экспедитор, в свою очередь, задался вопросом, может ли он вернуть из бюджета ранее уплаченный НДС по ставке 18 процентов.

ФНС России разъяснила: если налогоплательщик ошибочно применил ставку 18 процентов и заплатил налог в бюджет, он может заявить его к вычету с момента признания требования покупателя о возврате излишне уплаченной суммы НДС при документальном подтверждении нулевой ставки. При этом возмещение НДС из бюджета возможно в пределах трех лет после окончания периода, в котором появилось право на вычет (п. 2 ст. 173 НК РФ).

Отметим, что в разъяснениях контролеры учли судебную практику, согласно которой налогоплательщик не может быть лишен возможности обратиться за защитой права на возмещение НДС со дня, когда он узнал или должен был узнать о нарушении своего права.