Если в ходе проверки налоговый орган обнаружит, что налогоплательщику неправомерно был возмещен НДС, данная сумма признается недоимкой по налогу со дня фактического получения средств налогоплательщиком (при возврате налога) или со дня принятия решения о его зачете (абз. 4 п. 8 ст. 101 НК РФ). По общему правилу за неуплату налога налогоплательщика можно привлечь к ответственности по ст. 122 НК РФ.

Однако данная ответственность не наступает, если:

• у налогоплательщика есть переплата по тому же налогу за тот налоговый период, за который начисляется недоимка, в размере, превышающем доначисленную сумму или равном ей;
• на момент вынесения решения по результатам налоговой проверки эта переплата не была зачтена в счет иных задолженностей налогоплательщика.

Если размер переплаты был менее суммы заниженного налога, налогоплательщик освобождается от ответственности в соответствующей части.

К таким выводам пришла ФНС России в письме от 22.09.2015 № СА-4-7/16633 с учетом положения п. 20 постановления Пленума ВАС РФ от 30.07.2013 № 57 "О некоторых вопросах, возникающих при применении арбитражными судами части первой НК РФ".

Подробнее о возмещении НДС читайте в справочнике "Налог на добавленную стоимость".