Согласно абз. 3 п. 4 ст. 89 НК РФ при представлении налогоплательщиком уточненной декларации в рамках соответствующей выездной проверки проверяется период, за который она представлена.

В письме от 29.05.2012 № АС-4-2/8792 ФНС России разъяснила порядок применения этого абзаца.

Налоговое ведомство отметило, что в общем случае выездная проверка проводится за три календарных года, предшествующих году, в котором вынесено решение о ее проведении.

Абзац 3 п. 4 ст. 89 НК РФ является исключением из этого правила. Он применяется, если уточненная декларация представлена за период, который превышает три календарных года, предшествующих году, в котором подана эта декларация. Соответственно, выездная проверка может проводиться за период, за который представлена уточненная декларация, то есть и за время, превышающее первоначальный проверяемый период (3 года).

Такая проверка проводится, только если данный период не был ранее охвачен выездной проверкой.

При этом момент представления уточненной декларация (во время проверки, до или после нее) значения не имеет.

См. всю информацию о выездной налоговой проверке на сайте ИТС