Минфин России в письме от 28.05.12 № 03-03-06/2/67 указал, что документы, подписанные неквалифицированной электронной подписью не могут приниматься к налоговому учету, т.е. подтверждать расходы. Объясняется это тем, что согласно ст. 6 Федерального закона от 06.04.2011 № 63-ФЗ "Об электронной подписи" электронный документ, подписанный неквалифицированной электронной подписью, признается равнозначным документу на бумажном носителе, подписанному собственноручной подписью, в случаях, установленных федеральными законами, принимаемыми в соответствии с ними нормативными правовыми актами или соглашением между участниками электронного взаимодействия. А такие случаи законом "О бухгалтерском учете" и НК РФ не определены.

Подробнее см. Подтверждение расходов и вычетов электронными документами.