Организация вправе применять УСН, если ее обособленные подразделения не являются филиалами или представительствами.
В письме от 29.05.2012 № 03-11-06/2/72 Минфин России рассмотрел вопрос о том, может ли организация применять УСН, если она создала обособленное подразделение, не имеющее расчетного счета и отдельного баланса.
В соответствии с пп. 1 п. 3 ст. 346.12 НК РФ организации, имеющие филиалы и (или) представительства, не вправе применять УСН.
Финансовое ведомство разъяснило, что понятие филиалов и представительств дано в ст. 55 ГК РФ. Согласно этой статье филиалом и представительством является обособленное подразделение, расположенное вне места нахождения организации. При этом филиал осуществляет функции организации или их часть, в том числе функции представительства. Представительство представляет интересы организации и осуществляет их защиту. Представительства и филиалы должны быть указаны в учредительных документах организации.
В то же время на основании ст. 11 НК РФ обособленным подразделением организации признается любое территориально обособленное от нее подразделение, по месту нахождения которого оборудованы стационарные рабочие места. Обособленное подразделение признается таковым независимо от того, отражено или не отражено его создание в учредительных или иных организационно-распорядительных документах организации, и от полномочий, которыми наделяется указанное подразделение.
Таким образом, если организация создала обособленное подразделение, которое не является филиалом или представительством по нормам ГК РФ, то она может применять УСН на общих основаниях.
Аналогичную позицию Минфин России занимал и раньше (письма от 16.05.2011 № 03-11-06/2/76, от 10.12.2010 № 03-11-06/2/186).
См. подробнее Справочник "УСН"