В письме от 01.06.2012 № 03-05-05-03/10 Минфин России рассмотрел вопрос о том, в каком порядке возвращается госпошлина, уплаченная за выдачу лицензии.

Финансовое ведомство разъяснило, что согласно п. 1 ст. 333.40 НК РФ госпошлина, уплаченная за предоставление лицензии, возвращается в двух случаях: если она перечислена в большем размере, чем предусмотрено НК РФ, а также, если лицо, уплатившее ее, не стало по каким-либо причинам обращаться в уполномоченный орган для оформления лицензии. При этом если  организация обратилась в указанный орган с заявлением о предоставлении лицензии, но этот орган обоснованно отказал в ее выдаче, госпошлина не возвращается.

В аналогичном порядке производится возврат госпошлины, уплаченной за переоформление документа, подтверждающего наличие лицензии, а также за продление срока ее действия.