Согласно постановлению Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137 порядковый номер счета-фактуры должен дополняться через разделительную черту цифровым индексом, если товары (работы, услуги), имущественные права реализуются:

• через обособленные подразделения;
• участником товарищества или доверительным управляющим, исполняющим обязанности плательщика НДС.

В иных случаях, по мнению Минфина России, в порядковых номерах счетов-фактур разделительный знак ставиться не должен (письма от 15.05.2012 № 03-07-09/52, от 15.05.2012 № 03-07-09/53).

При этом финансовое ведомство напоминает, что в соответствии с абз. 2 п. 2 ст. 169 НК РФ ошибки в счетах-фактурах, не препятствующие налоговым органам идентифицировать продавца, покупателя, наименование товаров (работ, услуг), имущественных прав, их стоимость, а также налоговую ставку и сумму налога, не являются основанием для отказа в вычете НДС.

Подробнее см. Справочник "НДС".