При реализации имущества, стоимость которого была сформирована с учетом части входного НДС, рассчитанной по правилам п. 4 ст. 170 НК РФ, налог уплачивается с межценовой разницы.
При реализации имущества с учетом НДС налоговой базой является не продажная стоимость имущества, а так называемая межценовая разница. То есть разница между ценой реализации (включая НДС и акцизы – для подакцизных товаров), определенной с учетом положений ст. 105.3 НК РФ, и стоимостью приобретения (остаточной стоимостью с учетом переоценок) (п. 3 ст. 154 НК РФ).
В письме от от 26.03.2012 № 03-07-05/08 Минфин России указал, что такой порядок определения налоговой базы применяется и в случае, если стоимость реализуемого имущества была сформирована с учетом части входного НДС, рассчитанной в соответствии с порядком ведения раздельного учета, установленным п. 4 ст. 170 НК РФ.
Аналогичные разъяснения финансовое ведомство давало и раньше (письмо Минфина России от 07.09.2004 № 03-04-11/142).
Подробнее по данному вопросу см. также Справочник "НДС"