В письме от 06.03.2012 № 03-07-08/64 Минфин России разъяснил, что иностранный филиал, расположенный на территории РФ, не вправе принять к вычету НДС с предоплаты за работы, если ее уплатила головная организация, расположенная за границей.

Финансовое ведомство отметило, что НДС с сумм авансов, уплаченных в счет предстоящего выполнения работ, принимается к вычету при наличии в том числе документов, подтверждающих фактическое перечисление этих сумм (п. 9 ст. 172 НК РФ). Вместе с тем указанные документы у филиала отсутствуют, так как суммы авансов перечислила организация с банковского счета, открытого на территории иностранного государства. При этом, по мнению Минфина, выписка иностранного банка по счету иностранной организации не может являться документом, подтверждающим, что предоплата перечислена филиалом.

Соответственно НДС по такой предоплате к вычету не принимается.